1889’da yeniden yaptırılmış.Klasik Osmanlı mimarisi üslubunda olan bu yapı, dikdörtgen planlı. İbadet mekanının üzerini örten kubbenin çökmesinden sonra restore edildiğini ve üzerinin çatı ile örtüldüğünü biliyoruz.Caminin orijinal olan minaresi kesme taştan yapılmış.Osmanlılar döneminde 967 H. (1559 M) yılında yaptırılmıştır. Harput’a girişte solda yer alır. Dikdörtgen planlı olan ve tamamen yıkılan bina restore edilmiş ve ibadete açık hale getirilmiştir. İnce işçilik gösteren minaresi kesme taştan yapılmıştır.
Ağa Camii, Harput’un Ağa mahallesinde Hükumet ve Saraçhane caddelerinin birleştiği köşe başında olup Kıble tarafı Hükumet, Batı tarafı Saraçhane caddeleri, önü hususi mezarlıkla, Doğu bitişiği ise Cevheriye medresesiyle çevrilmişti. Medresenin önünden camiye giden yolun yanı başında (Üç lüle) çeşmesi vardı. Ağa Camii, daha önceleri (Pervane ) camii namiyle ahşap bir mescit halindeymiş…. (1589-946.H) tarihinde Harput köylerinden Sarını Ağaları tarafından tamir edildiğinden (Ağa Camii) namını almıştır. (1889 -1306.H) tarihinde ise Sarahatun camiinin banisi meşhur Müftü Hacı Ahmed Ef.nin torunu alim ve fazıl Hacı Abdülhamit Ef.nin himmet ve yardımlarıyla, harabiye yüz tutmuş olan bu cami yıktırılarak kârgir, kubbeli ve
minareli olarak yeniden yaptırılmıştır. Minaresi beyaz kesme taşlardan yapılmış, camiin büyüklüğiyle mütenasip ve oldukça zariftir.Cami, bu suretle mükemmel olarak yapıldıktan sonra, o zaman Sivas’da mektupçu bulunan Kesirikli Süleyman Faik bey merhum, Sıvas tezgahlarında hususi olarak bizzat yaptırdığı güzel ve çok büyük bir kilimi hediye olarak bu camiye göndermişti. Caminin banisi olan Hacı Abdülhamit Ef. bundan çok mütehassis olmuş ve o günden sonra Süleyman Faik beyin aleyhinde birisi tek kelime söylese hemen müdafaa eder ve sözünü ağzında bırakırmış. Bu kilim, Caminin dört sütun arasındaki orta yerini tamamen kaplamıştı.Camiin mimari bakımdan bir fevkaladeliği yoktur. 80 santim genişliğinde dört taş duvarla yükseltilmiş ve bu duvarların ortasında dört yuvarlak sütün üzerine bir kubbe oturtulmuş ve etrafı ise düz tonos şeklinde yapılmıştır. Yarım asır evvel camiin damı ve kubbesi toprakla örtülüydü. Zaman geçtikçe harabiye yüz tutmuş olduğundan son zamanlarda yine halkın yardımıyla üzerine çatı yapılmıştı.
Camiin hem Saraçhane caddesinde, hem de Üçlüle çeşmesinin üst tarafında taş kemerli iki küçük kapısı vardı. Birinci kapıdan içeri girilince sol tarafı mezarlık, sağ taraf ise camiin duvarlarını teşkil ediyordu. Bu koridorun ortasında iki üç basamakla taşlık bir methale çıkılırdı ki, üç büyük kemerle ve ön tarafı yük, ek ağaç parmaklıklarla bu koridordan ayrılmıştı. Bu methalin sağ tarafında ufak bir mihrap vardı. Zeminde geniş ve büyük hasırlar seriliydi, yaz günleri, çok defa bu ayvanda namaz kılınırdı.
Methalden büyük ve kemerli bir kapı ile de iç camiye girilirdi. Kapının her iki tarafında ağaç parmaklıklı maksureler ve bu maksurelerin birisinden de yine ahşap bir merdivenle iki saflık dar bir tahtabend’e çıkılırdı. Camiin tavana yakın 7 küçük ve aşağılarında ise 9 büyük ki, cem’an (16) penceresi vardı. Tavan ve kubbesinin yüksekliği ve pencerelerinin çokluğu ve iç genişliğinin de takribi 20X20 ebadında olması dolayısıyle ziyadar, ferah ve oldukça büyük bir camiydi.
